Реки Чукотки относятся к бассейнам морей Северного Ледовитого и Тихого океанов. 55% стока формируется в бассейне Берингова моря. В Восточно-Сибирское море текут Большой и Малый Анюй. Раучуа, Чаун. Пегтымель, Лелювеем, Паляваам идр.
Большой и Малый Анюй (длина 695 и 718 км соответственно), рождающиеся на склонах Анадырского плоскогорья, впадают в Колыму. Они имеют малые уклоны русла (2 — 0,6 м/км), среднюю скорость течения 1 м/с. В нижнем течении проходимы для речных судов. Река Чаун впадает в Чаунскую губу. В пределах низменности после каждого весеннего паводка русло ее изменяется. Река Пегтымель начинается в Паляваамском хребте, впадает в Восточно-Сибирское море. На большом протяжении течет в горах, со значительным падением русла, с шиверами. Крупным притоком ее является Кувет.
Среди рек бассейна Чукотского моря (Эквыватап, Кымынейгуэм, Вельмай, Ионивеем идр.) наиболее значительна река Амгуэма (498 км). В среднем и верхнем течении долина местами каньонообразная. На реке шиверы, пороги. При впадении она образует обширную дельту с мелкими протоками.
К Беринговому морю относится крупнейшая река Чукотки — Анадырь (1150 км). 11ачинаегся в Анадырском плоскогорье, впадаtт в Анадырский лиман. Горный участок реки продолжается до выхода из Щучьих гор. Уклон русла здесь составляет менее 0,7 м/км. В реке много перекатов, небольших порогов. На этом участке впадают значительные притоки — Большой Пеледон, Мечкерева, Яблон, Еропол, которые сами являются сплавными реками. Начиная от пристани Крепость, Анадырь судоходен. Влияние морских приливов достигает поселка Утесики.
Все водотоки подразделяются на реки тундровой, горно-тундровой и горно-лесной зон. Реки тундровой зоны начинаются на невысоких и плоских водоразделах, имеют небольшие размеры, текут в широких долинах со слабо врезанными руслами. Они отличаются высоким весенним половодьем и 1 — 2 пиками дождевых паводков, вызываемых летними или осенними дождями. Зимой малые реки тундры промерзают до дна. К рекам тундровой зоны относятся некоторые реки прибрежных низменностей побережий Северного Ледовитого океана и Берингова моря.
Реки горно-тундровой зоны являются преобладающими в регионе. Их истоки находятся на больших высотах нагорья. Большей частью отличаются значительной протяженностью. Они глубоко врезаны в верховьях, а их долины нередко имеют ступенчатый продольный профиль.
Гидрологический режим рек («Север Дальнего Востока») нагорья характеризуется снегово-дождевым питанием, промерзанием малых и средних водотоков, большой неравномерностью внутригодового распределения стока, малой мутностью вод. Основной объем стока (90 — 100%) осуществляется в течение мая-сентября, в остальное время года он незначителен или отсутствует.
Половодье начинается в конце мая — начале нюня, максимум его проходит во второй декаде июня. Продолжается 30 — 50 дней, сопровождается возвратом холодов. На Чукотских реках дождевые паводки обычно незначительны, т. к. юго-западные циклоны отдают большую часть осадков по пути. Максимальные расходы паводков в 2 — 3 раза меньше, чем половодья.
Однако в отчете о чрезвычайных гидрометеорологических явлениях за 1958 г. начальник отдела гидропрогнозов Колымского УГМС А. С. Кузнецов сообщает, что на многих реках Северо-Востока уровни воды в период весеннего половодья достигли опасных отметок. Затором льда на реке Эимываам был затоплен поселок Сталино (Мухоморное). Такую же судьбу испытали низменные части поселков Марково и Краснено на реке Анадырь.
Перемерзание рек связано с суровыми климатическими и неблагоприятными для фильтрации геологическими условиями. Ежегодно перемерзает река Амгуэма, эпизодически Малый Анюй.
Среднемесячные летние температуры воды в значительных реках около 10 °С. Лучше всего реки прогреваются во второй половине июля (Пырканай — 7,1 °С, Амгуэма — 9,8 °С, Анадырь у поселка Снежное — 15,5 °С). Начиная с августа, температура воды в реках быстро понижается и к концу сентября достигает нулевых значений.
Осенний ледоход начинается во второй половине сентября. Появляются забереги, идет шуга. Зимой толщина льда превышает 1 м, а при отсутствии снега — 2 м. Вскрытие рек заканчивается до середины июня. Весенний ледоход сопровождается заторами.
Особенностью рек являются незамерзающие в течение всей зимы полыньи. На реках Большой Анюй, Анадырь в среднем течении общая длина участков с полыньями составляет 200 — 300 км. Возникновение открытых участков на реках зимой связано с выходом теплых подмерзлотных вод. Другим объяснением является большая толща таликов, прекрасно фильтрующих и аккумулирующих грунтовые воды.
Минерализация речных вод незначительна. Они относятся к ульграпресным, мягким. Малое содержание веществ в воде объясняется слабой растворимостью солей в связи с наличием многолетней мерзлоты.