Природные объекты Зеленограда, находящиеся под особой охраной, имеют биогеоценологическое, ботаническое, зоологическое, геологическое и гидрологическое значение. Среди этих объектов имеются памятники природы регионального значения — родники.
Гидрологическая сеть Зеленограда представлена главной рекой города Сходней, ее притоками Горетовка и Ржавка, а также ручьями Болдов и Голеневский. Протяженность реки Сходня 47 км. Она протекает по центру города с запада на восток, с отклонением к югу. В ее пойме и на склонах вдоль берега отмечены красочно цветущие травы: ветреница лютиковая, селезёночник, лютик кашубский, а также охраняемые виды растений: колокольчик широколистный, ландыш и другие.
В округе есть многочисленные по характеру водоемы и болота с разнообразной и примечательной флорой и фауной. Одним из таких уникальных природных объектов Зеленограда является Чёрное озеро, расположенное на водоразделе рек Ржавка и Сходня, в ледниковой котловине. Вторую жизнь озеру дали торфоразработки: карьеры заполнились водой и вновь стали затягиваться сплавиной из сфагнума — белого мха, болотных трав и кустарничков. Лесное озеро, окруженное верховым болотом, стало местом произрастания краснокнижных видов растений: кувшинки белой, подмаренника трёхнадрезного, шейхцерии болотной, двух видов пушицы, клюквы, болотного мирта, багульника, редких видов лишайников. Особенно примечательны хищные растения: круглолистная росянка, которая своими листьями ловит и переваривает мелких насекомых, и пузырчатка, на корнях которой есть пузырьки для ловли планктона.
Другой живописный гидрологический объект — Малинское сфагновое болото, расположенное на водоразделе речек Сходня и Горетовка. На поверхности болота благодаря скоплению мягкой дождевой воды образовалась «сплавина» (легкий плавающий слой) мха сфагнума, что является большой редкостью. Здесь произрастают несколько видов осок, кустарники из семейства вересковых, клюква, голубика, болотный мирт, багульник и круглолистная росянка.
На природных территориях встречается немало краснокнижных растений и животных. В окрестностях города обитают более 75 видов птиц и 25 видов зверей: ястребы — тетеревятник и перепелятник — воробьиный сыч, длиннохвостая неясыть, желтоголовый королек, сорокопут жулан, лысуха, чирок-свистунок, серая цапля; белки, зайцы, землеройки, ежи, ласки, горностаи и другие; заходят сюда лоси и кабаны. Из земноводных и пресмыкающихся на территории отмечены живородящая ящерица, уж, тритоны, жабы и лягушки.
ООПТ служат укрытием для животных в период размножения. Если их потревожить, детеныши могут погибнуть.